A Polícia Federal concluiu através de um relatório da operação “Cui Bono”, que há “indícios suficientes” de que o presidente Michel Temer (MDB) avalizou a compra do silêncio do ex-presidente da Câmara dos Deputados, Eduardo Cunha (MDB). O chefe do Palácio do Planalto, no entanto, é apenas citado no texto e não foi indicado porque detém foro privilegiado. Para a PF, Temer incentivou a manutenção de pagamentos ilegítimos a Eduardo Cunha, pelo dono da JBS, Joesley Batista. No acordo de colaboração premiada, o executivo afirmou ter feito pagamentos de R$ 5 milhões após a prisão de Cunha como saldo da propina de R$ 20 milhões relacionada à desoneração tributária do setor do frango. Também narrou pagamentos mensais de R$ 400 mil em benefício de Lúcio Funaro. Joesley relata que Temer tinha ciência disso. Ao ouvir do dono da JBS sobre os pagamentos, o presidente teria dito: “Tem que manter isso, viu?”.