Segundo a coluna Satélite, do Correio da Bahia, a estação do metrô do aeroporto pode fazer a Prefeitura iniciar uma cobrança de impostos em cima da linha dois do metrô do governo do estado. O problema é que inicialmente a prefeitura não cobrou impostos como ISS do governo pois a ideia era construir uma estação em Lauro de Freitas e como o modal iria integrar dois municípios não pode haver essa cobrança.
O problema é que a estação de Lauro de Freitas pode não sair do papel e ai o modal ficaria exclusivamente em Salvador, possibilitando a prefeitura cobrar esse imposto sobre a linha dois. O custo médio deve chegar a aproximadamente Dois Bilhões de reais a serem pagos pelo governo do estado em imposto a prefeitura.
O governador Rui Costa (PT) está se movimentando internamente para aprovar uma lei que muda os limites de Salvador e tentar incorporar a estação a Lauro de Freitas. Caso o governo do estado não consiga incorporar, o quanto antes, a Estação do Aeroporto aos limites de Lauro de Freitas, a prefeitura de Salvador pode cobrar a qualquer momento os impostos sobre a operação do metrô, a cargo da CCR. A legislação permite ainda ao município reivindicar os valores do ISS liberado para a obra, já que os benefícios foram cedidos com base em um sistema intermunicipal.